进行 Real Time PCR 反应时,设计反应性能良好的 PCR 引物非常重要。根据以下原则,可以设计PCR 扩增效率高,反应特异性强的良好引物。
1、PCR扩增产物长度:80 ~ 150 bp较为合适(可以延长至300 bp);
2、引物的最适长度为17 ~ 25 bp;
3、引物的GC含量为40% ~ 60%,最好为45% ~ 55%;
4、上游引物和下游引物的Tm值不能相差太大;
5、引物A、T、C、G整体分布尽量均匀,不要有部分的GC富集或者 AT富集,尤其是在3’端;避开T/C或A/G的连续结构;
6、引物3’端碱基最好为G或者C,尽量避免3’末端碱基为T;
7、避开引物内部或者两条引物之间有3个碱基以上的互补序列。两条引物间的3’末端避开有2个碱基以上的互补序列;
8、使用Blast 检索确认引物的特异性。